台灣傳媒報道，當地國安單位指稱有大陸官方背景的「清華海峽研究院」，在新竹清華大學設立分支機構「新竹辦公室」，從事技術研發、招攬人才等業務，可能違反《兩岸條例》。陸委會主委邱太三表示，會協助教育部釐清問題，若有違規，將按條例處置。
新竹清華大學就指，只是出租辦公室，沒有參與相關機構的運作。「清華海峽研究院」由福建廈門市政府和兩岸清華大學共同成立，總部位於北京。根據台灣的《兩岸條例》，大陸的非營利團體或機構，未經許可不得在台灣設立辦事處或分支機構，違者可被罰款50萬新台幣，若拒停運作，涉事者可被監禁最多2年。