在台灣，陸委會副主委邱垂正回應有立委質詢指，大陸懲罰「台獨金主」問題牽連很大，大大影響台商，指事件對兩岸關係有很大負面影響，除投資風險外，亦有政治風險，對岸將自吃惡果。陸委會密切關注，正在研議反制措施，批評大陸政府不依法治行事，損人不利己，政府會積極輔導台商回台投資。
邱垂正亦回應到一名在大陸設廠的台商，向副總統賴清德陳情，指在新疆的廠房遭到無預警拆除，指涉及台商可向陸委會和海基會反映，將視乎個案內容，有無涉及到兩岸條例跟兩岸簽署相關協議部分，透過協議窗口反映，會盡最大努力協助台商。