甲型H1N1新流感患者，康復後傳染其它人的時期，可能遠較之前認為的長。加拿大魁北克的研究發現，即使患者退燒後一個星期，仍然有可能帶有新流感病毒，傳染其他人。新加坡和墨西哥的研究，亦發現病發後七日，有四成患者的鼻腔和喉龍，仍然找到新流感病毒；最長的甚至病發後十六日仍然帶毒。 美國疾控中心目前建議新流感患者退燒後，要自我隔離多一日；有專家建議，應該改以停止咳嗽做參考，減低傳染其他人的風險。不過，疾控中心的流感主管就認為，新流感病情至今都是較輕微，要考慮是否值得延長自我隔離的時間。