國際社會譴責以色列海軍突擊隊，射殺國際人道救援船隊人員。聯合國安理會召開緊急會議商討，阿拉伯國家要求安理會譴責以色列，並進行獨立調查。多國都有群眾示威，法國巴黎與希臘雅典，分別有二、三千人去到以色列大使館抗議，與警員衝突，警方以催淚彈及胡椒噴霧驅趕。歐洲多國都傳召以色列大使，要求解釋事件。

以色列軍方發表聲明，指行動中共有九人死亡，二十人受傷；又指海軍是受到其中一艘船上的人襲擊，搶走武器，才引發衝突。死者中大部份是土耳其人，土耳其人政府指以色列的所為是國家恐怖主義，召回駐以色列大使，並取消兩國的軍事演習。以色列總理內塔尼亞胡亦取消原定今日，與美國總統奧巴馬的會面，由加拿大趕回國處理危機。奧巴馬亦致電內塔尼亞胡，對突襲行動造成傷亡深表遺憾，要求盡快了解真相，並對取消會面表示理解。