日本首相菅直人在內閣會議上指示，當美國與南韓星期日至下月一日，在黃海進行聯合軍事演習期間，全體閣員要在東京待命，若發生緊急事態時，要在一小時內到達所屬省廳。 另外，菅直人在國會參議院預算委員會上又說，要留意北韓對外展示提煉濃縮鈾設施，及最高領導人金正日繼承人等的動向，認為炮擊南韓延坪島事件，可能是連串舉動的一部份，是有計劃實施。