在核輻射洩漏的陰霾下，日本的運輸物流受嚴重影響，世界第五大貨櫃托運公司，已停止將貨物運到日本，德國船務公司亦將航線改道，避免接近東京灣港口，並停止使用橫濱港，如果船員擔心受輻射影響，可以拒絕登船而不會被處分。部分負責亞洲付運的公司，正密切留意東京的輻射量會否超標，必要時轉用鄰近南韓、台灣等地區的港口。 另外，日本航班陸續回復正常，意大利、澳洲及德國三間航空公司，將早前轉用關西機場的定期航班，改回在東京成田機場升降，雖然正值賞櫻花季節，但旅客明顯銳減。關西機場上星期五起的六日內，平均每日只有約一千七百名外國人入境，較大地震前少超過一半。而地震後六日，離境旅客有十萬人，增加一成六。