日本政府多年來表明，靖國神社供奉二戰甲級戰犯，是宗教行為，亦是神社的決定，強調並無違反憲法中，政教分離的原則，不過《朝日新聞》取得的舊政府文件顯示，合祀的決定是由政府主導。前厚生省在一九五三年決定，於福岡等地的護國神社，祭祀甲級戰犯，包括前日軍特務頭目土肥原賢二，到七八年才將十四名甲級戰犯，集合在東京的靖國神社供奉。 中國及南韓等鄰國，多次譴責日本官員參拜靖國神社，認為神社是日本軍國主義的象徵。