中國在新版電子護照內頁地圖，將南海劃入版圖，引起越南及菲律賓政府抗議。北京外交部指護照符合國際標準，並非針對特定國家。

菲律賓外長羅薩里奧向中國大使館提交照會，指南海部份領土領海屬菲律賓所有。他強烈抗議中國的新護照，包含南海九段線。一直以來，北京以九段線作為在南海各項權益邊界的依據。但台灣，菲律賓，馬來西亞，文萊，印尼及越南等，都聲稱對九段線內的部分島礁擁有主權。越南指中方的行動，侵犯越南主權，要求糾正錯誤。有內地網民說，持新版護照到越南及菲律賓時遇到麻煩，有人入境越南時被指簽証無效。報道指，如果越南及菲律賓在有關護照上蓋章，等於默認中國政府的領土主張。至於引起中日爭議的釣魚島，並無出現在護照地圖。