菲律賓總統阿基諾三世透過總統府發言人，就他們公務人員在台菲重疊海域，射殺一名台灣漁民，作出道歉，呼籲台方冷靜；發言人陳顯達說，阿基諾已派遣馬尼拉經濟文化辦事處主席裴瑞茲，作為特使，代表他及菲律賓人民，向遇害台灣漁民家屬及台灣民眾，對今次不幸事件，表達遺憾及歉意。

裴瑞茲中午抵達台灣，他本來計劃直接前往外交部拜會外長林永樂，但台方認為裴瑞茲未獲充份授權，指菲方缺乏誠意，強烈不滿，拒絕接見。裴瑞茲原本亦計劃前往南部，慰問遇害漁民家屬，但家屬指責菲律賓道歉誠意不足，拒絕接待菲律賓特使。總統馬英九早前不接受菲律賓道歉，下令即時凍結引進菲律賓勞工、召回台灣駐菲代表，及要求菲律賓駐台代表回國，並警告在傍晚六時前未獲滿意回覆，會採取第二輪制裁措施，包括將外遊警示提升至紅色、停止兩地經濟和漁業合作交流等。