爆發伊波拉疫情的西非國家塞拉利昂及利比里亞，不會派代表參加明日揭幕的南京青年奧運會，受影響的有三名運動員。同樣來自西非的幾內亞，代表團已抵達南京，尼日利亞代表團就未決定會否出席。
南京青奧會主辦單位表示，一直密切跟進伊波拉疫情發展，會與世界衛生組織保持溝通。現時已採取多項防控措施，包括入境衞生檢疫、在比賽場館對所有運動員進行體徵監測等。國際奧委會表示，會與中國當局緊密合作，亦會遵照世衛的指引，但認為出席青奧會的人士感染伊波拉病毒的可能性非常低。奧委會又指，會對來自受疫情影響地區的運動員，進行體溫及身體檢查，亦會禁止他們參加游泳及跳水等項目。