在台灣，陸委會對大陸致函參加世界衛生大會的各國代表團，聲稱大陸決定「中國台灣省」不應該參加今屆世衛大會，阻撓及矮化台灣，表達強烈抗議及不滿，呼籲北京嚴肅反思，停止對台負面作為，若果一再無視台灣人民參與國際社會的權益，只會令兩岸關係漸行漸遠。陸委會重申，台灣過去以觀察員身分參加大會，是基於台北政府與民間多年來的共同努力、國際社會對台灣醫療衛生實力，以及全球防疫貢獻的肯定與支持，並非大陸宣稱的基於「一個中國」原則，台北亦從未接受大陸主張的一中原則。

由於台灣未獲邀出席世衛大會，有民間人士自行以其他管道申請旁聽證，不過進入會場時，一度被沒收旁聽證。警衞指，今日所有台灣人都不准進入。台灣一個醫師公會聯合會的秘書長王必勝說，他與另外三名台灣人士一度未能進場，經台灣的外交部及世界醫師大會交涉後，他已經可以進場。