歐盟首腦經過馬拉松式會議後，就解決難民問題達成協議。28個成員國同意，研究在北非國家設立平台，在難民上船到歐洲前，先審查他們是否合乎難民資格，但預料會受非洲國家反對。協議亦提出，會採取措施阻止難民在歐盟各國之間自由流動，又提出成員國會以自願為原則，設立難民中心，用作釐定哪些難民需要遣返，而安置真正難民，亦會以自願原則進行。
收容大量難民的意大利，早前一度威脅會否決協議，要求歐盟各國採取實質行動。總理孔特在會後說，歐洲變得更負責任，亦展現得更加團結。由於歐盟各國討論至凌晨，英國以外的27個成員國，原訂舉行早餐會討論英國脫歐問題，亦要延遲，改為舉行早午餐會議。英國首相文翠珊警告，如果未能達成脫歐協議，可能危及歐洲安全。