風暴海貝思已經減弱為強烈熱帶風暴，但吹襲日本期間造成廣泛地區嚴重破壞，遇難人數上升至25人，另有10多人失蹤，160多人受傷；救援隊在福島縣救援期間發生嚴重失誤，一名70幾歲女子由消防直升機跌落40米下的地面，送院時停止呼吸。
海貝思帶來大雨，日本全國最少14處出現河流氾濫，其中長野縣千曲川決堤，出現約70米的缺口，導致新幹線車廠被淹浸，多架列車浸在水中；亦有兩間老人院被洪水圍困，超過100人被困。一艘巴拿馬貨船在川崎市東京灣對開沉沒，船上載有12人，包括7名中國籍船員，救援隊暫時救起5人，1名中國船員死亡。風暴亦引致東京附近有超過37萬戶停電，1萬4千戶停水。首相安倍晉三成立緊急工作組應對風災，當局抽調約2萬7千名自衛隊員，參與救災工作。