日本首相菅義偉表示，拒絕任命「日本學術會議」推薦的6名新會員，完全無關學術自由，強調是個別人事安排，首相有權決定是否任命，政府每年向學術會議撥款逾10億日元，會員相當於特別公務員。
「日本學術會議」每3年改選一半會員，人選經會議推薦後再由首相任命，未曾出現不獲任命的場面。報道指，被拒任命的人文和社會科學專家，當中有人曾反對政府2015年推出的新安全立法，認為會令日本無限制地實行集體自衛權。菅義偉說，拒絕任命與有關專家對法案的立場無關。