教宗方濟各首度形容「新疆維吾爾人」為「受迫害」的群體，或會引中方不滿。方濟各在一本即將出版的新書，談到在伊斯蘭國家遭迫害的基督徒時，提到自己亦經常想起其他受迫害的人，包括羅興亞人、「可憐的維吾爾族」、以及亞茲迪教派信徒。有評論認為，羅馬早前正與北京討論續簽主教任命協議，所以不願就維吾爾族議題發聲，但現時協議已經續簽。

外電報道，近年不少人權團體一直要求教宗就維吾爾族發聲，美國國務卿蓬佩奧上月訪問教廷，亦在會議上批評中國的新疆政策。他又認為延長主教任命協議，等同拋棄教廷的道德權威。香港榮休主教陳日君樞機亦曾指，羅馬對新疆維吾爾族問題和香港政治動盪，保持十分可怕的沉默。

中方一直指，涉疆問題不是宗教、民族、人權問題，而是反暴恐和反分裂問題，新疆地方政府依法採取的反恐和去極端化措施，確保新疆近年未發生恐怖襲擊，措施得到新疆各族人民普遍支持。