日本厚生勞動省因應年輕男性接種莫德納新冠疫苗後，出現心肌炎等症狀比例較高，指示國內負責的藥廠修改附件作為提醒，而第一劑接種莫德納疫苗的人士，若擔心出現心肌炎，第二劑可改為接種輝瑞疫苗。數據顯示，當地接種莫德納疫苗後出現心肌炎和心包炎的20多歲男性，為每100萬人中有25.65人，10多歲就有28.83人，遠高於輝瑞疫苗分別只有9.62人和3.69人。至於其他組群就無顯著差別。
感染新冠病毒的併發症亦包括出現心肌炎等，比例高於接種疫苗後出現，加上接種疫苗後的心肌炎多數屬輕症，因此厚生勞動省仍認為，接種的預防效果大於不良反應。