審計署調查指，在七十一個河溪監測站中，有八成九監測站，在一五年的平均大腸桿菌水平超過法定水質指標。其中在元朗和北區，有五成八監測站，每一百毫升水平均含有超過一萬個大腸桿菌，較法定水質標準高出十倍。審計署批評環保署欠缺有效方法避免化糞池系統造成污染，又指當局在九三年開始推行化糞池發牌制度，至今年八年，仍只有少部份村屋和寮屋有領取牌照，但部份化糞池系統亦未符合環保署的專業守則。
報告又批評，環保署推行鄉村污水收集系統，已經將原定零九年完成的目標，推遲至一七/一八年，但審計署調查發現，現時仍未達到已推遲的進度。