立法會鐵路事宜小組委員會主席田北辰認為，高鐵一地兩檢草案未有指明西九龍總站內，內地口岸區和香港管轄區怎樣劃界，讓旅客了解身處哪個範圍，亦未有釐清香港工作人員如果在內地口岸區和乘客發生爭執，應該採用香港抑或內地法律處理。委員會副主席陳恒鑌表示，高鐵一地兩檢的草案細節和概念，和深圳灣口岸的分別不太大，強調一地兩檢安排涉及市民利益，希望議員理性務實處理，暑假前能夠完成審議，如果有議員拉布，將要向市民交代。
一地兩檢關注組召集人陳淑莊形容草案是大騙局，批評草案損害港人很多權益，認為一地兩檢安排已改變香港的區域界線，但政府在草案中否認，是「擘大眼講大話」。民主黨胡志偉認為，草案列明香港區域界線無變動，將會引起是否符合基本法的法律爭議，政府有責任說明立法安排如何合憲，消除危機。