運輸及房屋局長陳帆表示，無證據顯示港鐵上周四條市區綫同時故障事故，與更新信號系統工程有關，港鐵初步調查顯示，極大可能是源於現有信號系統軟件運作和數據處理不暢順，會暫時分離各路綫信號系統的連繫，兩個月內提交報告，運輸署亦會檢討港鐵免費接駁巴士安排，及其他公共交通加強服務的空間。陳帆又澄清，運輸署並無講過今次事故並非災難級，他明白市民的憤怒和不滿，但平心靜氣來看，政府和公共交通營辦商已克盡己職，算是有交代，希望市民體諒。
多名議員批評目前對港鐵的罰則太輕，欠缺阻嚇力，陳帆表示，正和港鐵嚴肅跟進，希望和港鐵達成共識，令罰則反映事故嚴重性，要有理有節，不能對復修和營運人員構成壓力，影響鐵路安全；港鐵下周出席立法會鐵路事宜小組會議時會再作回應。