審計報告早前批評食安中心未有按承諾，為每一批日本進口食物進行輻射測試，海關代表在立法會政府帳目委員會上否認指控，解釋抵港船隻可以選擇透過電子系統或紙本提交貨物艙單，當中約八成五船隻會採用電子系統，因此審計報告誤以為食安中心會遺漏餘下一成五的船隻，但事實是海關會整合電子系統和紙本數據，再交予食安中心跟進。
審計報告又批評，食安中心人員在輻射測試過程中，程序與指引不同。根據指引，食物樣本只可以量度可食用部分，重量應為一公斤，但部分食安中心人員沒有去除食物樣本的非食用部分，例如帶子的殼，會影響樣本測試結果。食環署署長劉利群承認，相關情況並不理想，但解釋是由於機場環境所限，檢測時間很短，令職員無法按章辦事，署方會加強員工培訓。