審計署去年底針對食安中心監管進口食物方面，列出多項不足之處，包括揭露了空運進口食物樣本進行輻射污染檢驗，部分樣本是由進口商預先選定，違反工作指引。立法會政府帳目委員會發表相應報告，指對於食安中心未有依循既定程序，表示極度遺憾及不能接受，批評管理層及監督人員未能確保前線人員，遵守指引及工作守則。
帳委會又批評，食安中心未有主動檢討制度及工作守則，應該設立機制，透過專責隊伍檢討、理順及簡化食品進口管制的工作流程。