國務院港澳辦副主任鄧中華日前表示，港區國安法是香港特區法律的重要組成部分，具有不可挑戰的地位和權威，任何香港本地法律均不得與該法相牴觸。政制及內地事務局長曾國衞在立法會回應質詢時表示，港區國安法的法律條文未出爐，現階段未能評論會否有凌駕性，但相信會符合《憲法》及《基本法》，亦不會影響本港的司法權及終審權。
公民黨楊岳橋則引述特區政府在1999年回覆立法會質詢時表示，若果有任何列入基本法附件三的全國性法律對香港有實質影響，會諮詢立法會有關事務委員會，質疑特區政府是否出爾反爾。曾國衞表示，全國人大常委會依法諮詢特區政府及基本法委員會，當局會適當反映香港的實際情況。