在台灣，中央選舉委員會宣布，在總統大選同時舉行的入聯及返聯公投，由於投票率不足三成六，未達法定投票人數，未能通過；北京將入聯公投定性為台獨公投，一旦通過，將抵觸國家反分裂法，意味解放軍可能武力攻台。 在北京，國台辦發言人李維一說，台灣選舉結果顯示台獨分裂勢力搞台獨是不得人心，新華社引述內地學者說，台灣民眾用選票對陳水扁表達不滿，陳水扁用公投綁選票的騙局徹底破產。