在台北，陸委會副主任委員童振源，在一個選後研討會中表示，雖然馬英九當選總統，但國民黨在野八年後出現民進黨化的情況，馬英九強調本身是台灣人及台灣主權獨立，令台灣要同北京達成和平協議存在困難，因為北京會要求台灣先承認一個中國，至展開談判，馬英九亦會要求北京撤走指向台灣的導彈，至可以對話，要解決這兩個分歧會有困難．他又擔心，大陸會否以經濟籌碼去壓逼馬英九的政府，如果北京不作調整，馬英九要面對黨內壓力．亦有學者認為，選後無出現混亂，証明台灣的民主出現結構的穩定性．，