台灣傳媒指當選總統的馬英九，會委任東吳大學校長劉兆玄，出任行政院長，馬英九到金門謝票時，並無評論有關報道。而劉兆玄就強調，內閣的任命應由馬英九公布。副總統蕭萬長，過往擔任行政院長時，劉兆玄曾出任副行政院長，外界認為他同蕭萬長有默契。