總統當選人馬英九，針對各界不分藍綠，反對他選擇台獨人士賴幸媛出任大陸委員會主委解釋說，賴幸媛認同一中各表，而且在兩岸政策理念上和他很接近，找賴幸媛做主委，可以擴大新政府兩岸政策共識的基礎。 馬英九指，今次選舉，他雖然拿到七百多萬票，但仍有五百幾萬人無投票給他。馬英九認為，這些人會擔心國民黨的兩岸政策，會影響到台灣人的利益。他說，綜合考慮這些因素，並且和前總統李登輝商量後，決定任用賴幸媛。馬英九說，他決定的時候，已經預期外界會反對。