在台灣，候任行政院長的劉兆玄，公布18位內閣名單，最受關注的大陸委員會事前主委，由台獨色彩濃厚的台聯立委賴幸媛出任，引起國民黨及民進黨立委不滿。總統當選人馬英九解釋說，賴幸媛在兩岸政策理念上，和他很接近，而且她承諾接受一中各表，相信賴幸媛有助擴大社會對兩岸政策的共識。馬英九事前有同前總統李登輝商量，亦預計有人反對。另外，候任國防部長，是李登輝非常重用的前空軍總司令陳肇敏，教育部長就由主張本土化，理念和民進黨台獨路線相近的，前政治大學校長鄭瑞城出任。