台北地檢署正調查一筆三千萬美元秘密外交經費被兩名中間人侵吞的事件，先後傳召外交部長黃志芳及行政院副院長邱義仁問話，邱義仁到凌晨離開地檢署，並無發表講話。台灣傳媒報道，其中一名中間人被限制離開台灣。候任行政院長劉兆玄形容事件不幸，並指新政府對金援外交會有所節制。
台灣在去年尋求與巴布亞新畿內亞再次建交，當時擔任國安會秘書長的邱義仁，安排兩名分別持美國護照及是新加坡華僑的台商做中間人，並將三千萬美元匯到新加坡存入兩人聯名銀行戶口，以備建交後轉匯巴國。但台北方面其後評估情況，決定終止建交，但未能聯絡中間人取回經費。