在台灣，秘密外交經費侵吞弊案風波愈演愈烈，被指受賄的外長黃志芳及行政院副院長邱義仁提出呈辭獲接納，黃志芳及邱義仁下午分別召開記者會，強調自己清白，並無收受佣金，黃志芳指，這宗醜聞損害台灣形象，他深感自責，鞠躬道歉。總統陳水扁發表聲明，說從未主導、亦無參與秘密外交行動，並相信相關官員不會收賄或貪污，他又說，秘密爭取與巴布亞新幾內亞建交，原本是出於好意，如今演變成傷害台灣及民進黨形象，深感愧疚，向全體台灣民眾道歉；而台北地檢署先後派員搜查，外長黃志芳，副國防部長柯承亨的官邸，行政院及國安會等辦公室，搜查相關文件，不排除傳召陳水扁問話。