皇后碼頭的組件，儲存在大嶼山政府爆炸品倉庫，土木工程署表示，會在碼頭的混凝土頂部，加建上蓋，避免日曬雨淋，同時亦在倉庫加設抽濕設備，以防欄桿等鐵器生鏽。署方又說，大部分皇后碼頭的組件日後都可以重用，如果設在九至十號碼頭之間，部分碼頭的上落客樓梯，可能無法使用，以免阻礙船隻停泊。