到訪的海協會副會長張銘清，在台南參觀孔廟時，被綠營民眾包圍，高叫台灣獨立口號，混亂間張銘清被人推跌落地，眼鏡飛脫，後腦亦被人打了一拳。他其後同兩名隨同人員上車離開時，有人跳上張銘清座駛，將車頂踏凹。率領示威的台南市議員王定宇，指張銘清是踢到榕樹根而跌倒，被他拉起身。張銘清其後說，身上有點痛，但毋須就醫。總統府、行政院長劉兆玄及海基會董事長江丙坤，都譴責民進黨暴力行為，日後加強訪台的內地官員保安。 在北京，海協會會長陳雲林發表聲明，擔心事件對兩岸交流產生負面作用，但認為不影響兩岸謀求和平發展。國民黨譴責民進黨，影響台灣人形象。民進黨主席蔡英文表示遺憾，說會調查事件，追究責任。