到訪台灣的大陸海協會副會長張銘清，在台南參觀孔廟時，受到民進黨示威者包圍追打，更被人推跌落地，他身體略感不適，醫生到他下塌的酒店診治；張銘清向台南地方法院控告傷人的綠營人士，他晚上出席公開活動時說，民進黨示威者這樣做，是要破壞日益好轉的兩岸關係，今次事件不會影響兩岸和諧，亦希望今次衝突，讓相關單位汲取教訓，令海協會會長陳雲林來台時，有更完善的準備。台灣的總統府、行政院長劉兆玄及海基會董事長江丙坤，譴責民進黨暴力行為，民進黨主席蔡英文對事件表示遺憾，表示會呼籲支持者克制；在北京，國台辦及海協會表達憤慨及嚴厲譴責，要求嚴懲肇事者，陳雲林發表聲明，表示擔心事件對兩岸交流產生負面作用，但認為不影響兩岸謀求和平發展。