在台灣，前總統陳水扁連同多名社團代表，向高等法院檢察署，控告總統馬英九及正在台灣訪問的大陸海協會會長陳雲林，觸犯外患罪。他們指馬英九接受外國傳媒問時，曾經提到台灣與大陸不是國與國關係，任內盡快完成和北京簽署和平協定。又指陳雲林曾經說，不會放棄以武力實現統一。 陳水扁並質疑台灣政府，派七千警力保護陳雲林，並非兩岸對等做法，令台灣失去尊嚴。陳水扁又批評警方驅散在圓山飯店外示威人士，是違反言論與新聞自由。