運輸及房屋局副局長邱誠武，在立法會說，預計兩岸三通，會打擊經香港轉機往大陸的台灣旅客業務；但就有利整個地區的旅遊業發展。邱誠武說，這類轉機旅客去年達到二百七十萬人次；而台灣經香港去大陸的空運轉口貨物，就有二十八萬噸。港府會密切留意貨運的影響。

不過，邱誠武說，由於三通要求貨船在香港註冊，所以對本港的船泊註冊，與及貨箱業有正面影響。邱誠武又認為，三通不影響當局考慮在赤？角機場，擴建第三條跑道，與及興建十號貨櫃碼頭的計劃。