在台北，總統馬英九同新任行政院長吳敦義，一齊召開記者會。馬英九說，決定由吳敦義，接替辭職的劉兆玄領導行政院，是因為吳敦義是台灣政界中，罕有具有北部、中部及南部政治資歷，政治經驗豐富，頭腦冷靜，希望借重他的廣泛經驗，及對政治問題的精準掌握，為台灣帶來新氣象。吳敦義表示，一定會全力以赴，新內閣將提升執行力及強化競爭力，以應付天災及國際環境帶來的困難。 馬英九又說，風災被毀的道路及橋樑九成已修好，但真正的重建工作才剛開始，今後會做到防災重於救災，根本做好治山防洪工作，不過經濟及防疫仍然是新內閣的重要工作。他又說，兩岸經濟合作架構協議及兩岸金融備忘錄的磋商，因水災受到拖延，希望盡快恢復協商。