運輸及房屋局表示，港鐵為廣深港高速鐵路香港段進行的顧問研究指出，現時走線方案將緊急救援站和列車停放處設於石崗，將影響菜園村約一百五十戶居民，由於其他走線方案影響更多戶數及社區設施，認為現時走線已是影響最少。政府會小心設計安置村民方案，確保公道合理，並盡快將高鐵方案，提交行政會議考慮。 運輸及房屋局提交立法會的文件表示，曾考慮在錦田、八鄉及利用石崗附近的空地及停車場等，設置高鐵的緊急救援站，但要興建額外隧道接駁，加上其他技術問題，最終認為石崗是最佳地點。