公共專業聯盟，建議廣深港高速鐵路，另設新走線，毋須遷拆石崗菜園村，提出以西鐵錦上路站作為高鐵的交匯處，向北以隧道連接邊境，向南就興建一條伸延鐵路，連接青衣機鐵站。聯盟認為，新走線只須徵用錦上路站旁的官地，作維修車廠，可保留菜園村，又指成本是250億元，較政府原先建議的走線節省三百億，亦可以如期在2015年落成。
運輸及房屋局發言人認為建議不可行，指高鐵基本概念是在巿區設站，而涉及收地的問題，可能是現時菜園村多兩倍，又指聯盟對新走線估價過低，而且新走線的施工時間會較政府的方案長三年。港鐵發言人亦認為，聯盟建議在錦上路建鐵路至青衣，可能會令到機鐵超出負苛。