衛生署原先計劃在06年前，為所有中成藥註冊。但到現時，七成七的註冊申請，即是一千八百宗，仍在處理中。審計報告批評衛生署的工作進度緩慢。此外，衛生署要求中成藥的零售批發商要領取牌照，在未完成手續前會先發出臨時牌，但衛生署就不會巡查只有臨時牌的商舖。審計報告要求衛生署亦巡查臨時牌店舖，保障公眾衛生。