審計署批評生產力促進局，企業管理不完善，例如聘請一個高級職位時，揀出候選人後，才將聘用條款，由合約制改為常額編制，又無解釋為何邀請未完全符合應徵資格的人，參與另一項面試。而三名曾受聘於公共機構、仍在領取房屋津貼的員工，加入生產力促進局後，所享有的非實報實銷現金津貼無被削減。報告又批評創新科技署，與促進局總裁馮永業續約時，向理事會申請提高約滿酬金，但沒有提出理據。 另外，報告批評生產力促進局，管理資產有漏洞，例如零五年，有三成四固定資產未能尋回，而一千五百多部電腦中，接近一百一十部下落不明，但促進局未有紀錄調查情況。而局方在零五至零七年，有十三宗酬酢開支超出限額，當中部分未獲總裁批准，依然全數獲發還金額。促進局又與私人會所簽約，繳交一萬五千元年費，但同一年度內，只有百分之七公務應酬，在這間會所進行。 審計署亦關注生產力促進局大樓，空置率達一成半，當中近四成，空置一年以上，認為有需要改善，以帶來收益，同時亦建議局方保存招聘及調整薪酬等紀錄。生產力促進局及創新科技署，同意審計署的建議。