台灣當局為挽回民眾對甲型H1N1新流感疫苗的信心，將成立委員會，邀請醫學界、學術界、立委及消費者代表，就疫苗的安全性，進行獨立調查及提交報告。行政院長吳敦義巡視衛生指揮中心，建議將接種新流感疫苗導致死亡的賠償，由二百萬元新台幣，提升至六百萬元；若疫苗導致其他不適，最高可獲賠償五百萬元。 台灣目前出現五百二十五宗，懷疑接種新疫苗後出現不良反應的報告，七宗死亡，其中三人已確定與疫苗無關。另外有十宗個案，懷疑因為孕婦打針後，導致胎兒流產或內出血夭折。