在台灣，立法院鑑於民眾憂慮美國牛肉可能含有瘋牛症，三讀通過食品衛生管理法修正案，禁止牛肉六個高風險部位進口，而一歲半以上牛隻的牛肉及相關製品，亦不能進口，華府對通過修正案獲通過，表示極度遺憾，認為是違背台灣早前與美國簽訂的牛肉入口協議，窒礙兩地日後的經貿發展。 總統馬英九傍晚舉行記者會說，對這項修法可能產生的後果，行政、立法部門與朝野政黨已有共識，將共同承擔；行政院長吳敦義表示，台美貿易短時間內可能會出現摩擦，但應該僅限於經貿範圍內，不會影響對台軍售。