高鐵撥款到最後審議階段，爭議越趨白熱化，造價、走線到總站選址，再惹來質疑。運輸及房屋局長鄭汝樺接受專訪時說，高鐵以專用路軌，全隧道式興建，價錢會較貴，而採用全隊道，是因為香港地理環境特殊，高樓密集，即使設計成高架鐵路，亦會帶來噪音問題，加上西九龍地下總站和各項交通接駁配套，六百多億的造價並非不合理，相信是物有所值的投資。如果施工時建築物料價格下降，多出的造價會撥歸庫房。 鄭汝樺又說，高鐵總站設在西九龍，有如在市中心多一個機場，是最便利的地點。另外，兩地政府正積極研究一地兩檢安排，即使高鐵啟用時未做到，仍有其他折衷方法，例如用流動檢查的方法，不會要旅客中途落車過關。