粵港澳三地政府，已就港珠澳大橋的建設、營運及管理簽署協議，由三方代表組成的聯合工作委員會，負責監督大橋質量、財務、人事及收費。運輸及房屋局表示，大橋屬非營利基建項目，收費主要用於償還貸款利息及支付營運開支，三地政府同意會盡量降低收費，吸引車流。 聯合工作委員會下設辦公室，負責向港珠澳大橋管理局提出處理日常工作的建議，由於大橋主體位於內地水域，日常管理須按內地法規執行。