審計報告指，食環署員工請病假水平，較整體公務員高出不少；不同分區辦事處的員工病假水平，差距亦甚大。報告又指，一些持久病例個案，並未召開或延遲召開醫事委員會，違反公務員事務規例規定。報告又指房屋署的合約僱員，病假水平高過整體房署公務員員工，。認為要查明。審計報告指，食環署零四年起用電子系統紀錄員工假期，但員工同時可以用電子或紙張形式遞交申請，可能導致錯誤。報告又指，部份例假申請，在假期開始日期後才提交，但仍然獲批，同時亦有假期申請遲遲未處理。