立法會政府帳目委員會，跟進審計報告批評東亞運嚴重超支問題。民政事務局長曾德成表示，東亞運作為國際體育盛事，政府部門有責任提供支援，涉及警方、入境及醫療人員的支援開支，屬部門恒常經費，難以獨立抽出計算。

康文署長馮程淑儀表示，每年經常性撥款都有預留款項支援大型活動，部份東亞運場地的臨時支援、聯絡及接待人員，由有關經費支付，而籌辦東亞運時，本港剛經歷金融風暴，政府撥出二千四百萬元，開創職位，東亞運中有百多名臨時宣傳人員開支，來自有關撥款，故未有計入直接成本內。不過審計署長鄧國斌表示，審計報告所指的東亞運開支，全部是直接成本，未有包括警方等調派人手的成本。