立法會政府帳目委員會，跟進審計報告批評東亞運嚴重超支問題。泛民鄭家富批評東亞運的預算開支與實際差距大，商業贊助超出預算一倍多，令市民對政府舉辦大型活動的預算失信心。地產及建造界的石禮謙指，看到東亞運最終帳目，有被欺騙的感覺，又質疑東亞運公司將部份盈餘，資助體育會是違反籌辦協議。民政事務局長曾德成表示，舉辦大型體育活動，社會贊助扮演重要角色，東亞運公司一直量入為出，最終亦有盈餘。康文署長馮程淑儀表示，協議雖然無條款說明餘款可撥作體育會營運，但亦無規定不能用，署方曾徵詢財經事務局意見，認為若餘款能區分出無特定用途的部份，無需先交回庫房。