政務司長唐英年回應帳目委員會報告批評直資學校，表示當局已跟進個別直資學校的違規及不當情況，大部份已處理，並提出改善運作及系統的方案，包括設立系統風險分析機制，因應學校情況，監察學校有否盡快跟進不當做法，並向法團校董會匯報情況；教育局亦常設專責小組，處理直資學校每年提交的全年帳目，確保學校執行營運協議規定。唐英年又說，為增強直資學校透明度及管治，教育局常任秘書長領導直資計劃工作小組，邀請私營界別專業成員及局方官員，研究可行措施，監控直資學校的學費減免計劃，並將於年底向教育局長提交報告。