機場興建第三條跑道，涉及在機場島以北填海六百五十公頃，面積相等於三十四個維園。機管局指，建議填海位置四成的面積，本身是傾倒污泥的地方，很少白海豚出沒，當局會多用九十億，以新方法填海，毋須挖掘海床淤泥，減低對環境影響。運輸及房屋局局長鄭汝樺指，明白公眾對環境的關注，但強調不應把基建跟環保對立，當局將依法進行環評工作。

不過有環保團體表明，反對任何形式填海，又指擴建機場增加飛機升降量，會令溫室氣體排放增加。有學者認為，如不盡快興建第三條跑道，會失去區內航空樞紐的地位，重蹈碼頭航運的覆轍。工會則希望興建跑道可增加就業機會。立法會大部份黨派議員，均支持盡快興建第三條跑道，但民主黨指跑道造價驚人，要求當局交待成本效益。