國務院成立獨立調查組，徹查溫州列車相撞事故，初步分析認為，溫州南站信號設施，設計存在嚴重缺陷，被雷擊發生故障後，本應顯示為紅燈，錯誤顯示為綠燈，調度人員亦無發出預警，引發事故；而負責提供信號系統的北京全路通信信號研究設計院，向死者家屬致歉，發言人田振輝說，他們作為央企的下屬單位，承擔責任是負責的做法，並非迫於其他部門的壓力，他又說，國家部門是根據正當程序，向研究院採購信號系統。研究院的聲明說，會積極配合調查，接受應得處罰，及汲取教訓，確保產品安全可靠，以慰死者在天之靈。 有死者家屬不滿解釋，批評列車系統是豆腐渣工程，遇上雷擊就全面故障，難以令人信服，要求當局徹查，交代真相。