機管局的工程顧問報告顯示，機場如果興建第三條跑道，2030年啟用時，空氣污染物的排放會較07年增加一倍，填海工程亦會影響中華白海豚及其他海洋生物的棲息。報告建議減少航班架次，加強內地及本港區域的減排措施，以人造魚礁、海豚管制區等，將影響減至最低。立法會經濟發展事務委員會成員李華明驚訝第三條跑道造成的環境破壞，認為機管局應盡快進行環評報告，提出可行的緩解措施。地球之友指，計及五年後通車的港珠澳大橋交通流量，將令環境污染問題嚴重，促請機管局投放資源，減低污染物排放。